总机构应如何处理查补所得税款？

  根据《国家税务总局关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法>的公告》(国家税务总局公告2012年第57号)规定：“第二十七条 ……总机构应将查补所得税款(包括滞纳金、罚款，下同)的50%按照本办法第十五条规定计算的分摊比例，分摊给各分支机构(不包括本办法第五条规定的分支机构)缴纳，各分支机构根据分摊查补税款就地办理缴库;50%分摊给总机构缴纳，其中25%就地办理缴库，25%就地全额缴入中央国库。具体的税款缴库程序按照财预〔2012〕40号文件第五条等相关规定执行。
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第三十三条  本办法自2013年1月1日起施行。”