企业因国务院决定事项形成的资产损失，应以专项申报的方式向主管税务机关申报扣除。

根据国家税务总局公告2014年第18号规定，

企业因国务院决定事项形成的资产损失，应以专项申报的方式向主管税务机关申报扣除